En 1596, El Greco se comprometió a realizar el retablo de la iglesia del colegio de doña María de Aragón, un seminario de la orden agustina. El nombre popular alude a doña María de Aragón, la mecenas que pagó las obras. El Greco recibió el encargo del Consejo de Castilla, que se había hecho cargo de las obras después de la muerte de doña María. Existen documentos que atestiguan que debía realizarse en tres años y se valoró el trabajo en algo más de sesenta y tres mil reales, el precio más alto que consiguió en su vida. Sin embargo no hay referencias del número de cuadros que lo formaban, ni de la estructura del retablo, ni de la temática tratada. Esta obra se situaba en el espacio central del retablo. Se trata de una visión nocturna del Calvario con un acusado carácter eucarístico. María Magdalena, a los pies de la Cruz, y tres ángeles que recogen la sangre de Cristo muerto aparecen enmarcados por las figuras de la Virgen y San Juan Evangelista. Este cuadro expresa el espíritu de su época a través de una estructura espacial, más bien que a través del tema propio de otras épocas. Este cuadro nos hace ver que se ha acabado ya el equilibrio clásico del sistema renacentista, en el cual mirar un cuadro era como abrir una puerta  y encontrar una prolongación de nuestro propio espacio de nuestro cuarto. Esta visión del Monte Calvario que aquí vemos tiene un notable carácter religioso, y expresa sin ambigüedad, la fe del artista y su  misticismo. Parece que el cuadro se abre a otra dimensión, resaltando su espiritualidad. Se genera una gran intensidad dramática, agravada por los contrastes cromáticos. Ya, en Santo Domingo el Antiguo, El Greco artista había sentado la relación en la composición entre los dos cuadros centrales del altar mayor: la Asunción y la Trinidad. De nuevo, aquí pone en relación dos temas tan diferentes pero íntimamente relacionados el de la recepción de la Virgen del Espíritu Santo, y Cristo abandono al  Espíritu Santo. Un tema representa una de las alegrías de la Virgen, y el otro expresa uno de sus dolores. Cada pintura está dividida horizontalmente en tres zonas. La alegría de la Virgen se contrapone más arriba con la expresión de dolor de la Virgen. Esta pintura de la crucifixión es una de las grandes interpretaciones del tema en la pintura y casi inevitablemente trae a la memoria otras dos grandes crucifixiones, la de Grünewald en el Altar de la Arena y la de la Capilla de Giotto. Sin embargo este cuadro del Greco es uno de los más maravillosos realizados de este tema. El Greco introduce alguno de sus símbolos para representar sentimientos espirituales; los ángeles claman con los brazos abiertos rodeando el cuerpo de Cristo. Este cuadro pintado hacia el 1600, es decir, cuando Cervantes escribe su Quijote, nos hace ver que se ha terminado ya la época renancentista. La escena está estructurada a base de dos triángulos en los que se insertan las figuras. Jesús en la cruz es el eje de simetría; a su derecha se encuentran la Virgen María y a la izquierda san Juan Evangelista. La composición tradicional de Cristo Crucificado, se complica aquí con la representación de cuatro figuras. Tres ángeles completan la escena, dos arriba, uno de ellos parece estar suspendido en el cielo, con un gesto de terror en su rostro. El otro abajo está recogiendo con su mano izquierda la sangre que emana de las heridas del Crucificado. Una mujer que podemos identificar como la Magdalena, también recoge con un pañuelo su sangre. Algunas figuras, como María Magdalena, siguen estrictamente el canon italiano. Es de destacar la desproporción entre las figuras de la escena. Los ángeles de menor tamaño que las figuras humanas quedan en una posición ambivalente, no sabiendo bien su posición respecto del grupo. Los ángeles juegan un gran papel en la profundidad del cuadro, en cuanto a su variedad de tamaño. La mano derecha del ángel vestido de rojo parece situarse detrás de Cristo, mientras la mano izquierda está delante recogiendo la sangre de Jesús. Y el ángel de abajo en una contorsión digna del Picasso del siglo XX no parece llenar el sitio entre la Virgen y la Cruz. María Magdalena está vista desde varias perspectivas a la vez, según la diversas vistas de la cara y el cuerpo, aparte de que su brazo resulta más largo de lo correspondiente al tamaño de la cabeza. Se observa que las miradas perdidas de la Virgen y San Juan, ambas de atrevida representación están como mirando a otro Cristo que el representado en la Cruz. En cuanto al color, El Greco sigue usando su gama tradicional, aunque ya mezcla las tonalidades de la escuela veneciana con las que aprendió durante su estancia en la Roma manierista de 1570. Una de las características del cuadro es la luz que El Greco aplica sobre el amarillo creando una atmósfera irreal. Se aprecia la utilización de la luz y el color en función de la intensidad dramática del tema utilizado, generando un nocturno de fuertes contrastes cromáticos. Algunas figuras como la Magdalena siguen modelos italianos, que recuerdan la formación del artista.