El Pentecostés formaba parte del cuerpo alto del retablo realizado por El Greco entre 1595-1600 para el Colegio de Doña María de Aragón. La Anunciación y el Bautismo de Cristo serían compañeros, pero estaban colocados en el cuerpo bajo de dicho retablo. La ausencia de documentos sobre el encargo que describan los cuadros han originado distintas hipótesis sobre el número de cuadros y los temas en ellos tratados. En 1908 Cossío señaló la relación entre el Bautismo, la Crucifixión, la Resurrección y la Anunciación. August L. Mayer propuso en 1931 la relación entre los lienzos anteriores con el Pentecostés del Museo del Prado y la Adoración de los pastores de Bucarest. En 1943, Manuel Gómez Moreno conjeturó un retablo reticular formado por estos seis cuadros sin argumentarlo. Esta hipótesis no se ha tenido en cuenta hasta cuarenta años después pues para algunos especialistas la Resurrección y el Pentecostés corresponden a formulaciones estilísticas diferentes. Hasta 1985 la crítica especializada ha realizado distintas formulaciones al respecto, en general rechazando los dos últimos cuadros como pertenecientes al retablo. En 1985 se conoció una relación anónima fechada en 1814 en la que se registraban las obras depositadas en la casa de la Inquisición. En este listado se aludía al retablo mayor del colegio de doña María depositado en la sala carbonera y se hablaba de siete cuadros de pinturas originales de Domenico Greco que estaban en el Altar Mayor. Esta información ha afianzado la hipótesis de Gómez Moreno de un retablo de tres calles en dos pisos. Como en la relación se habla de siete cuadros se ha supuesto que el séptimo se trataría de un cuadro pequeño dispuesto en un tercer piso a modo de ático. La estructura de este retablo estaría compuesta en el piso inferior por la Anunciación en el centro con el Bautismo y la Adoración de los pastores de Bucarest a cada lado. Mientras que en el piso superior en el centro se dispondría la Crucifixión y a sus lados la Resurrección y el Pentecostés . Según José Milicua esta organización tiene coherencia histórico-teológica subrayando el sentido redentorista del retablo, pues la Crucifixión (piso superior) sería el momento culminante de la redención iniciada en la encarnación de María (piso inferior). La Adoración y la Resurrección serían la aparición y despedida del Salvador entre los hombres, mientras que el Bautismo y Pentecostés ilustrarían el descenso del Espíritu Santo sobre Cristo y sobre la comunidad apostólica. [Como en los demás cuadros del encargo, el artista ha empleado un triángulo, en este caso invertido, para organizar la composición. Las dos figuras de primer plano son vistas en una perspectiva diferente, posiblemente para acercarlas al espectador. Son las más interesantes de la escena ya que muestran mayor dinamismo que sus compañeros. La Virgen, sentada, preside la imagen y a su alrededor se agrupan los Apóstoles y la Magdalena, en una clara muestra de isocefalia que recuerda al mundo gótico. La luz procede de la paloma del Espíritu Santo, hacia la que buen número de personajes elevan la mirada. Es una luz fuerte y clara que provoca la pérdida del color allí donde incide, especialmente en la túnica de María o en las figuras de primer plano. El maestro emplea una figura arquetípica en sus obras, alejada totalmente del canon clásico de belleza, en el que la proporción y la belleza son las claves. Así, el cretense estiliza la silueta al desarrollar un canon de uno a trece, es decir la cabeza es la decimotercera parte del cuerpo. Se crean esas largas figuras con la cabeza muy pequeña y envueltas en amplios ropajes que impiden ver su anatomía, totalmente contrario a sus orígenes, cuando la personalidad de Miguel Ángel dejó una profunda huella en la obra del cretense. Como ocurre en la mayor parte de sus escenas, el recurso del paisaje o de la arquitectura para dar efecto de perspectiva es eliminado al recurrir a un fondo neutro, casi innecesario en este caso, al ocupar las figuras toda la superficie pictórica. El colorido usado por el artista es muy variado, predominando los tonos fuertes en los que la luz hace estragos. Esta utilización teatral de la iluminación puede asegurarse que fue aprendida en Venecia junto a Tintoretto. No existe una sensación de perspectiva, mientras que los tonos fuertes de ciertas secciones son herencia directa de Tintoretto y Miguel Ángel. La pincelada es rápida y vibrante, aplicada mediante manchas. Por todo el retablo El Greco percibió 65.300 reales y puso todo su empeño, tanto artístico como intelectual, al desarrollar a la perfección el programa iconográfico deseado por el cliente.