Esta es una de las composiciones del Greco más difundidas. Representa a san Francisco arrodillado, de frente y reflexionando sobre su propia muerte mientras sostiene la calavera entre las manos. El hermano León, privilegiado testigo de los episodios finales de su vida, aparece igualmente arrodillado y con las manos entrelazadas, en una actitud que sin duda invitaba a ser imitada por el devoto. La demanda de las composiciones religiosas de este pintor, sobre todo sus representaciones de santos, se prolongó durante bastantes años después de su muerte. Uno de los temas más repetido fue el referente a san Francisco por el acierto que tuvo de representarlo como un santo ascético y meditabundo, de rostro afilado y cuerpo tan sólo insinuado bajo un hábito holgado y mísero. Esta nueva representación iconográfica acorde con los valores propugnados por la iglesia católica avivó su devoción y con ello la demanda de sus representaciones. San Francisco de Asís es el personaje que más se repite en los cuadros del Greco y su estudio. Se han catalogado hasta cien obras con el símbolo de la contrarreforma. Unas veinticinco llevan la firma del cretense, mientras que el resto son colaboraciones del taller o copias al maestro. San Francisco de Asís y el hermano León meditando sobre la muerte es uno de sus trabajos más repetidos. Uno de ellos, el que estuvo en Nambroca hasta principios del siglo XX, sí está autografiado, y sirvió de ejemplo para otras copias. Ahora se encuentra en la National Gallery of Canada, situada en Ottawa. En el lienzo, San Francisco se representa como un anacoreta penitente en meditación, como lo exigían los cánones artísticos de la Contrarreforma. estilizadas y delicadas, meditando sobre la muerte en su retiro en el monte Alvernia (Arezzo, Italia). El Greco representa a San Francisco arrodillado meditando acerca de la muerte y acompañado del hermano León, sosteniendo una calavera entre sus manos, Se encuentra arrodillado y sosteniendo una calavera, como había recomendado representarle San Ignacio, en una cueva a la que se había retirado el santo al final de su vida para meditar. En el cuadro destacan los tres nudos de la cuerda franciscana. Los 3 nudos significan los votos de pobreza, castidad y obediencia interpretados como las 3 virtudes Franciscanas, de ahí el nombre de cordeliers que recibieron en Francia los frailes menores. La espiritualidad que transmite la obra está en concordancia con la devoción que genera el personaje. El canon alargado de las figuras se aprecia, a pesar de estar arrodillado. Una luz espectral invade la composición, apreciándose en el cielo un rayo revelador de una fuerza divina. El alargado rostro de San Francisco está representado mediante unas finas facciones, y enmarcado por la capucha de su sobrio hábito. El rostro de San Francisco es lo mejor de toda la tela, donde se aprecia un delicado tratamiento pictórico, lleno de matices.  En la mano derecha de San Francisco se le aprecia una llega con que le regalo el Señor cuando estaba meditando en la cueva y se le apareció un ángel; y oraba el santo de este modo: Señor mío Jesucristo, dos gracias te pido me concedas antes de mi muerte: la primera, que yo experimente en vida, en el alma y en el cuerpo, aquel dolor que tú, dulce Jesús, soportaste en la hora de tu acerbísima pasión; la segunda, que yo experimente en mi corazón, en la medida posible, aquel amor sin medida en que tú, Hijo de Dios, ardías cuando te ofreciste a sufrir tantos padecimientos por nosotros pecadores. Y, permaneciendo por largo tiempo en esta plegaria, entendió que Dios le escucharía y que, en cuanto es posible a una pura creatura, le sería concedido en breve experimentar dichas cosas.